Удостоверяющий центр Рособрнадзора организует выдачу электронных подписей уполномоченным лицам Рособрнадзора и его подведомственным организациям, органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации, осуществляющим государственное управление в сфере образования, органам местного самоуправления, осуществляющим управление в сфере образования, органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации, осуществляющим переданные полномочия Российской Федерации в сфере образования, организациям, осуществляющим образовательную деятельность, органам, в ведение которых переданы архивы организаций, выдавших документы об образовании, организациям, в ведение которых переданы архивы организаций, выдавших документы об образовании, образовательным организациям среднего профессионального образования и образовательным организациям высшего образования.
В настоящее время квалифицированные сертификаты УЦ Рособрнадзора применяются в информационных системах «Федеральный реестр сведений о документах об образовании и (или) о квалификации, документах об обучении» (ФРДО) и «Государственный надзор в сфере образования» (ГИС надзора), реестр организаций, осуществляющих образовательную деятельность по имеющим государственную аккредитацию образовательным программам (ГИС аккредитации) и сводный реестр лицензий, включающих сведения о лицензиях, выданных органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, осуществляющими переданные полномочия Российской Федерации в сфере образования (ГИС реестр лицензий).
В Группе компаний «Ижинформпроект» (г. Ижевск, Удмуртская Республика) организована региональная точка выдачи сертификатов УЦ Рособрнадзора. Порядок получения квалифицированного сертификата описан на сайте Рособрнадзора.